Ne parvenant pas à empêcher les recherches de Scorpius sur les Vortex, Crichton s'aperçoit qu'il ne lui reste plus qu'une seule option pour se débarrasser de cette technologie : détruire le vaisseau amiral. Reste à savoir comment y parvenir tout en épargnant le plus grand nombre des 50 000 personnes à bord...