Učionica za ubistva prati odeljenje 3-E, šaroliku grupu učenika, koji su dobili zadatak da ubiju, naizgled, nepobedivog žutog vanzemaljca sa pipcima. Ovo vanzemaljsko čudovište je, ujedno, njihov nastavnik koji sa zadovoljstvom obučava svoje učenike, ohrabrujući ih svakodnevno da pronađu nove načine da ga uhvate, a ako ga ne „srede” do diplomiranja, on će da uništi zemlju.