W odległej części galaktyki znajdują się Dwanaście Kolonii Człowieka, cywilizacja, która od około czterdziestu lat żyje w pokoju z imperium maszyn, Cylonami, którzy zostali stworzeni pokolenia temu jako robotnicy-drony dla ludzkości, ale uzyskali niepodległość, zbuntowali się i rozpoczęli wojnę ze swoimi panami. Obecnie Cyloni ewoluowali w kierunku bardziej ludzkiej formy, w stworzone przez maszyny istoty biologiczne, których celem jest eksterminacja prawdziwych biologicznych ludzi. W tym celu wykorzystują naukowca, Gaiusa, aby pomóc jednemu ze swoich infiltratorów, znanemu jako #6, zinfiltrować władcę Kolonii...