Le passé devient rapidement périlleux alors que l'intrépide roi bandit Bakura a envahi le palais du pharaon pour abattre à lui seul les gardiens des sept objets du millénaire ! Pendant ce temps, Yugi et ses amis recherchent la seule porte dans le labyrinthe sans fin du Puzzle qui mène à l'Egypte ancienne, mais comment peuvent-ils trouver une porte que même le Pharaon n'a pas pu trouver ? S'ils ne trouvent pas la sortie, ils seront perdus dans le labyrinthe pour toujours !